ハエは食べ物や排泄物、ごみなどを選ばず止まり、O-157など食中毒を引き起こす原因となる病原菌だけでなく、皮膚や目の疾患の原因ともいえる病原体をも運びます。また、サシバエなど吸血する種のハエもおり、飲食店や食品工場では飲食物および商品への混入が大きな問題です。
腸管出血性大腸菌感染症（O-157）
腸管出血性大腸菌感染症は、O-157に感染した飲食物を摂取した場合に発症します。1982年にアメリカで集団発生した事例に始まり、北米や欧州、オーストラリアで集団発生が相次ぎました。日本でも1990年に集団発生し、注目を浴びました。毎年夏季に発生します。
サルモネラ食中毒
サルモネラ食中毒とは、サルモネラ菌を原因とする急性胃腸炎を指し、代表的な食中毒の一つです。牛や豚、鶏などの食肉や卵が主な原因食品で、特に鶏卵のサルモネラ菌汚染率が増加し、卵内にも菌が認められることがあるので注意が必要です。
赤痢
赤痢は世界中に見られる感染症です。特に衛生環境の悪い地域では高頻度で発生します。感染者は海外渡航経験のある人が多いですが、近年では広範囲に流通する食品が原因となり海外渡航経験がなくても感染することがあります。